Pro Toolsin projektista käytetään termiä sessio. Yleensä tämä on yksi kappale, joskus sessiossa voi olla saman äänityspäivän aikana tehtyjä kappaleita useampi. Yhdellä kertaa voi avoinna olla vain yksi sessio.
Sessiotiedostosisältää tiedot kaikista sessioon kuuluvista raidoista, audio- ja videotiedostoista, asetuksista, ja raitaeditoinneista. Niitä voidaan helposti kopioida ja nimetä uudelleen, jolloin samasta sessiosta voidaan tehdä esimerkiksi vaihtoehtoisia miksauksia kopioimatta kaikkia audioraitoja. Sessiotiedoston pääte Pro Tools 10:ssä on.ptx(vanhemmissa versioissa .ptf), ja niiden tiedostokoko on hyvin pieni.
Pro Tools luo aina WaveCache -tiedoston sessiokansioon. Se sisältää dataa jota käytetään aaltomuotojen piirtämiseen. Pro Tools avautuu nopeammin koska tämä data on saatavilla tiedostosta eikä sitä tarvitse aina laskea uudestaan. Mikäli tämä tiedosto tuhotaan, muodostaa Pro Tools sen uudestaan avattaessa sessio seuraavan kerran.
Jokainen äänityskerta luo äänitettäviä raitoja vastaavan määrän audiotiedostoja. Ne sijoitetaan Audio Files -kansioon, joka sijaitsee sessiokansiossa. Myös AudioSuite-plugarien käyttö muodostaa kansioon uusia audiotiedostoja.
Äänitetyt audiotiedostot sijaitsevat ainoastaan tässä kansiossa, eivätkä sessiotiedostossa. Tästä syystä sessiota siirrettäessä tulee kopioida myös audiokansio. Suositeltavin tapa kopioiden tekemiseen on käyttää File -alasvetovalikon "Save Copy In" -komentoa, ja valita "Items To Copy" -kohdasta "Audio Files".
Suositeltavin tapa kopioiden tekemiseen on käyttää File -alasvetovalikon "Save Copy In" -komentoa.
Clip Group on useammasta pienestä audio- tai MIDI-klipistä muodostetty ryhmä, joka käyttäytyy kuin yksi suurempi klippi. Jos Pro Toolsissa muodostettu Clip Group viedään Export Clip Group -komennolla, taltioituu se session Clip Group -kansioon.
Käytettäessä renderöivää Elastic Audio -plugaria luo ohjelma Rendered Files -kansion ja kirjoittaa sinne tilapäisiä audiotiedostoja. Mikäli tätä ominaisuutta ei käytetä, ei Rendered Files -kansiota luoda.
Asetuksista saa päälle Auto Backup -toiminnon (Preferences⇒Operation⇒Auto Backup), joka tekee sessiotiedostosta varmuuskopioita halutuin väliajoin automaattisesti. Varmuuskopiot tallentuvat Session File Backups -kansioon. Tiedostopäätteisiin lisätään juokseva numerointi.
Mikäli Pro Toolsiin digitoidaan videota Avidin oheislaitteiden avulla, tallentaa Pro Tools videotiedostot Video Files -kansioon. Jos Pro Toolsiin tuodaan jo valmiiksi digitaalisessa muodossa oleva videotiedosto (esim. QuickTime) sitä ei kopioida sessiokansioon, vaan sessiotiedostoon tallentuu tieto tiedoston alkuperäisestä sijaintipaikasta. Videotiedostoja käytettäessä onkin suositeltavaa kopioida ne Video Files -kansioon, jolloin ne löytyvät helpommin sessiota kopioitaessa ja siirrettäessä.
